在庫を増やす、減らすの場合、なぜ在庫の増減を行ったか理由を登録することができません。在庫変動履歴には在庫の増減の履歴は残ります。
入出荷で在庫の増減を記録すると、入荷詳細、出荷詳細に在庫を動かした理由を登録することができます。過去の記録をさかのぼるうえで、理由を明確にされたい場合は入出荷による在庫の増減をおすすめします。（入出荷の記録についても在庫変動履歴に残ります）
また、外部サービス連携を行っている方に関しては、ロジクラからの入荷・出荷の増減が連携する仕組みのものがあります。その場合は在庫を増やす/減らす操作では外部サービスに在庫変動が反映しない場合があるのでご注意ください。