棚卸し中に自動で入出荷の差分調整は行われません。
つきましては、棚卸し表と在庫数は連動していないので、日々の入出荷分を棚卸しした数量から調整していただく必要があります。
棚卸しを開始する → 棚卸し表が作成される
実地棚卸しを行う
一部の商品に対し、棚卸し数量を入力する
入出荷の差分を棚卸し数量に反映する
1日の入出荷が終了したタイミングで本日入荷分、本日出荷分の実績をCSVエクスポートする
棚卸し表をCSVエクスポートし、本日棚卸しした商品の棚卸し数量に対し、本日入出荷によって在庫数が変動した商品を洗い出し、差分をメモする
WEB画面の棚卸し表より差分のある商品の棚卸し数量を変更する（CSVインポートで棚卸し数量の更新はできません）
棚卸し完了まで、2. と3. を繰り返す
以上が具体的な操作の流れになります。
棚卸し数を日々手動で調整することから推奨はできません。入出荷を止めることが難しい場合のみこちらの方法をご検討ください。