方法は2つあります。どちらも連携可能ですので都合の良い手順で再連携してください。
ロジクラShopify連携設定> データ連携 > 受注取り込み「データを取り込む」をクリックします。
Shopifyにある取込対象の注文をすべてロジクラに取り込もうとします。ロジクラに取込不要の注文がある場合は方法②の手順で再連携を行ってください。
以下の4つの項目のうちどれか1つでShopifyで更新すると自動でロジクラに出荷予定が取り込みされます。
Shopifyの注文画面の編集より行います
Shopifyの注文にあるタグを追加、または削除することによりロジクラへの再連携を行います。
参考：Shopifyヘルプセンター：タグかメモを追加、または注文を編集する
Shopify注文メモを編集することによりロジクラへの再連携を行います。
※ Shopifyメモ欄に入力した文言はロジクラ出荷予定の詳細に反映されます。
連絡先情報、配送先住所を編集することによりロジクラへの再連携を行います。
※Shopify顧客情報の更新では自動連携はできません。
注文情報の連絡先編集or配送先住所の編集のみが注文再取り込みの対象となりますのでご注意ください。
参考：Shopifyヘルプセンター：注文について顧客に連絡する（連絡先情報の編集）
注文に商品を追加、削除、注文数量を変更するとロジクラへの再連携を行います。
参考：Shopifyヘルプセンター：注文を編集する（商品の追加・削除・数量調整）
A. できます。ロジクラの出荷実績を削除したあとに上記の操作を行うことで再度取り込むことができます。ロジクラの出荷実績を削除していない場合はエラーが出て取り込むことはできません。
また、ロジクラで出荷実績を削除してもロジクラの在庫は元の数量に戻りません。必ず在庫数を調整してから出荷実績を削除してください。