原則として、立替経費であっても源泉所得税算出の対象外とすることはできません。
所得税法では、報酬・料金等の支払者が直接交通機関や宿泊施設等へ支払っている場合を除き、
報酬とは別の名目（立替金、交通費、車代など）であっても、
その実態が報酬・料金等と同一であるものについては、源泉徴収の対象金額に含めるとされています。
一部、インターネット上では「会社宛て請求書であれば源泉徴収は不要」といった記事が見受けられますが、これらの記事においても、
原則としては源泉徴収の対象であることを前提とした上で、報酬の支払者が直接支払っている場合と同視できるケースに限り、
源泉徴収しなくても差し支えないという趣旨にとどまっています。
現時点では、立替経費を「報酬の支払者が直接交通機関等へ支払っている場合」と同様に取り扱ってよいことを明確に認めた国税庁の一問一答や通達等は示されていません。
そのため、Lansmart by SmartHRでは、ご利用企業様の税務リスクを最小限に抑える観点から、
立替金等の名目であっても、法令等の規定どおり報酬として取り扱い、源泉徴収を行う運用としています。
※参照