以下の操作を行った場合、在庫数は連携されません。
ロジクラで在庫を入荷や出荷以外で調整した場合
Shopifyで在庫を調整した場合
どちらかで在庫数を調整し変更した場合は、もう一方の在庫数も同様に調整を行ってください。
Shopify連携を始めた際に初期在庫を連携することができません。CSVにて初期在庫を登録してください。
以下ガイドより、Shopify連携の仕組み、および在庫の動きについてご確認ください。
【基本】Shopify連携の仕組み
ロジクラとShopify連携に関するおおまかな流れ

Q. ロジクラ、Shopifyの在庫の動きを確認したい
Shopify連携の在庫連携の仕組みを解説
