在庫数を直接修正された場合は自動で在庫数が連携しません。それぞれの在庫数を手動で修正してください。
以下のガイドを参考に在庫数を修正します。
在庫を更新する
WEB管理画面から1件ずつ更新する メニュー> 在庫 > 「在庫(商品単位)」または「在庫(詳細)」を開きます。 「在庫を操作する」から「在庫を増やす/減らす」を選択するか、一覧から在庫データを絞り込み、選択すると在庫を操作するメニューが表示されます。 在庫を増やす 在庫を増やす拠点と商品を確認し、増やす数量を入力します。右側に表示される数字は増えた後の在庫数を表示しています。 ロット管理商品はロット番号を登録していただく必要があります。 「保存する」をクリックで在庫が加算されます。 在庫を減らす 在庫を減らす拠点と商品を確認し「在庫を選択してください」をクリックして商品のどの在庫を減らすか選択してください。 詳細な在庫管理を実施していない方も必ず選択していただく必要があります。 減らす在庫を選択したら減らす数量を入力します。右側に表示される数字は減ったあとの在庫数を表示しています。 「保存する」をクリックで在庫が減算されます。 入荷、出荷で在庫を増減させる 在庫から商品を選択して「入荷する」「出荷予定を作成する」操作も可能です。 ※ご注意ください※ 入荷の場合、入荷の作成だけでは在庫

以下のヘルプページを参考に在庫数を修正します。