ShopifyPOSの操作で返品や交換を行ってもロジクラの在庫には反映されません。
ロジクラの在庫数を調整してください。
1. 返品・交換によって、入荷(戻ってきた)した商品の在庫を増やす方法
基本的な操作等は通常のSyopify連携と同様になりますので、以下のガイドを確認ください。
Q. 返品はどうしたらよいですか？
ネクストエンジン連携にて返品があった場合の対応方法
2.交換によって、新たに別の商品を出荷(渡した)した際の、別の商品の在庫を減らす方法
交換によって出荷（渡した）した商品の在庫数はロジクラに連携されませんので、ロジクラの在庫を調整してください。
ロジクラ出荷で在庫を減らす際はShopify基本設定をチェックしてから減らしてください。設定によってはShopifyの在庫を減らしてしまうので、重複して在庫がマイナスされます。