スマレジでは在庫に有効期限、ロット番号を登録することができませんので、スマレジの在庫をロジクラに送信した場合は、自動で有効期限やロット番号を付与することができません。
スマレジの在庫を取得した際は有効期限・ロット番号のない在庫が連携されますので、ロジクラの振替機能を利用して、有効期限・ロット番号を付与してください。
ロジクラの在庫振替の操作方法は以下のガイドをご覧ください。
在庫を振替する
有効期限やロット番号のある在庫に振替します

ロジクラの在庫は有効期限・ロット番号のない在庫が増えます
適宜ロジクラの在庫を正しい有効期限・ロット番号に振替えてください。
ロジクラの在庫は引き当てルールに従って在庫が減ります。
以下ガイドの商品在庫の有効期限/ロット番号の優先順位をご確認ください。
出荷を開始する
出荷予定に在庫を引き当て出荷作業を開始します

増減は相対値で連携されますので、元の在庫数に差異がある場合は在庫が一致しませんのでご注意ください。