はい、連携できます。
CommChatのRPAブラウザ側での入力処理が完了していれば、下記のようなことが通常通り可能です。
例）
カゴ落ちメール配信
RPAブラウザにてメールアドレスの入力が完了していれば、送信可能です
マーケティングオートメーション
CommChat経由の注文は通常通りShopifyの注文管理上に生成されますので、他の注文と同様にご利用が可能です。
CommChat経由の注文には独自タグが発行されますのでこちらをトリガーに組むことも可能です
カスタムフォームで入力された情報をトリガーに組むことも可能です。
参照：
カスタムフォーム機能
参考：RPAブラウザの仕組みについてはこちらを参考ください。