Shopifyの支払い確定方法を、Shopify管理画面 > 設定 > 決済 > 支払いの確定方法で「注文が発送されると自動的に」に設定している場合、通常は商品の発送完了と同時にオーソリ(与信)が確定されます。
しかし、All in giftの「複数配送機能(マルチシップ)」を有効にしている場合、下記のような仕様になります。
支払い情報は「親注文」にひも付きます。
親注文は注文完了直後に、自動的に「保留」→「アーカイブ」されます。
そのため、Shopify標準の「発送と同時に自動確定」が機能せず、
支払いは自動では確定されません。