Stripeで登録番号をインボイスに表示する方法は以下の通りです
https://dashboard.stripe.com/settings/billing/invoice
登録番号を入力します
デフォルトとして設定をしてください
https://dashboard.stripe.com/settings/emails
顧客のメール設定にて
1.「支払い」の「支払い成功」または、「返金」を有効にする
2.その下の「登録番号」の「領収書のメールに納税者番号を含める」を有効にする
こちらの設定を行なっていただくことで、サブスク・一括商品ともに、ユーザーに送付される請求書/領収書に登録番号が記載されます
https://docs.stripe.com/invoicing/japan-config-guide?jp-invoice-type=receipt